Paysandú Fútbol Club, Uruguay'nın Paysandú şehrinde bulunan bir futbol kulübüdür. 2003 yılında kurulan kulüp, Uruguay profesyonel futbolundaki en yeni takımlardan biridir ve çeşitli yerel kulüplerin birleşimiyle oluşturulmuştur.
Kulüp, 2003 ile 2004 yılları arasında Uruguay Segunda División'da mücadele etmiştir. 2003-2004 sezonunda elde ettiği üçüncülikle Uruguay Primera División'a yükselmiş ve burada iki sezon geçirmiştir. Daha sonra tekrar Segunda División'a düşürülmüş ve ardından sadece bir sezon daha bu ligde oynadıktan sonra kulüp kapanmıştır.
2021 yılında yeniden kurulan Paysandú Fútbol Club, Uruguay futbol sisteminin üçüncü basamağı olan Uruguay Primera División Amateur'da mücadele etmeye başlamıştır ve 2025 yılı itibarıyla hala bu ligde yer almaktadır. Kulüp, 2026 sezonunda Segunda División'a yükselme hedefiyle çalışmalarına devam etmektedir.
